Алаколь с юго-запада ограничен Джунгарским Алатау, с запада – горами Арганаты Архара, с востока – хребтом Барлык, с севера – хребтом Западный Тарбагатай. Алаколь вместе с озерами Сасыкколь, Уялы, Жаланашколь и другими, более мелкими, образует Алакольскую озерную систему.

Берега озера выложены хорошо окатанной необычной галькой мазутно-черного цвета и черным песком, как будто бы их завезли с промышленных терриконов. В действительности же, это её природный цвет (такого же цвета скалы в ближайших ущельях).

Дно озера галечниковое, у берегов местами илистое.

Климат побережья резко континентальный. Максимальная температура воздуха +42 градуса, минимальная- -46 градусов.

Наибольшая температура на поверхности воды в глубоководной части достигает +26 градусов, на мелководных прибрежных участках в северной зоне +30 градусов.

Название озера переводится как «пестрое».

Только за день оно может поменять цвет от молочного, лазурно-голубого до салатного и изумрудного. Такой эффект создают подземные ключи, питающие озеро, и неравномерная глубина.

В центральной части озера расположен архипелаг из трех островов: это-остров Средний, Улькен, Аралтобе, Кишкине Аралтобе. На этом архипелаге в 1998 году был создан Алакольский государственный природный заповедник, где гнездится реликтовая чайка, живущая только в трех местах: в Африке, Монголии, Казахстане.

Вода Алаколя по составу соленая, морская и включает почти всю таблицу Менделеева (кроме йода). Солевой состав воды носит гидрокарбонатно-хлоридно-сульфатный магниево-натриевый характер. Минеральный состав воды меняется, увеличиваясь к глубоководной части (северо-восточной).

Целебные свойства Алаколя вместе с сухим, чистым насыщенным минеральными солями степным воздухом способствуют лечению многих кожных заболеваний, благоприятно действуют на опорно-двигательный аппарат. Они полезны для лечения периферической нервной системы. Алаколь является прекрасным климатологическим местом для лечения легочных и целого ряда других заболеваний.

Алаколь богат рыбой. Здесь водится белый окунь, осман, одноцветный губач, озерная и речная Маринка, сазан, судак, карась.

Вдоль северного и северо-восточного побережий озера и в устьях рек водится ондатра.

В тростниковых зарослях встречаются пятнистая кошка, водяная крыса и другая живность.

Пернатые Алаколя. Алаколь является важнейшим перекрестком миграционных маршрутов пернатых странников в Центральной Азии, летящих с далеких индийских и африканских зимовок, именно на алакольских озерах после утомительных перелетов находят покой и отдых сотни тысяч птиц.

Среди них занесенные в Красную книгу: розовый и кудрявый пеликан, лебедь- кликун, савка, орлан-белохвост, змеед, журавль-красавка и другие.

Известны залеты и таких редких птиц, как фламинго, каравайка, малая белая цапля.